Zakaria Stapa dilahirkan pada 18 September 1951 di Kampung Banggol, Tanah Merah, Kelantan[1]. Beliau memulakan pendidikan awal di Sekolah al-Ihsan, Tanah Merah (1957-1964), Maahad Muhammadi (1965-1969) dan Kolej Islam Klang (1970-1971). Kemudian, beliau melanjutkan pengajian sarjana muda di Fakulti Pengajian Islam UKM pada tahun 1972 dan memperolehi Sarjana Muda Pengajian Islam Dengan Kepujian (Kelas Pertama) pada 1976.

Seterusnya beliau memperolehi Diploma Pendidikan pada 1977 dan Sarjana Pengajian Islam pada 1980 dari institusi yang sama. Pada tahun 1984-1988, Zakaria melanjutkan pelajaran pada peringkat ijazah kedoktoran di University of Durham, England[2].

Zakaria telah mendirikan rumahtangga dengan Datin Salbiah Hussin pada 10 Jun 1976 dan dianugerahkan 6 orang anak (4 perempuan dan 2 lelaki) serta 4 orang cucu.